合ってるかどうか微妙ですが、一例で作ってみました。
読み込み速度などでズレがでるかもしれないです。
 
1,タイマースタート

スクリプト欄に記述
$gameTimer._time = 0;
$gameTimer._lastTime = Date.now();

1

2,タイマー停止

スクリプト欄に記述

var lastTime = Date.now() - $gameTimer._lastTime;
$gameTimer._time = lastTime + $gameTimer._time;


3,適当な変数に置く
ここでは変数「1番」を使っています

変数の操作で
「$gameTimer._time」と直に記述 

 
2
 
4,表記を秒数に変換し変数に格納
ここでは変数「1番」に置きます

var time = new Date($gameVariables.value(1));
var seconds = time.getSeconds();
var milli = time.getMilliseconds();
timestamp = seconds + ".";
timestamp += milli.padZero(3) + "秒";

$gameVariables.setValue(1,timestamp); 


5,変数を会話などで表示
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